1999年9月 日本が台湾大地震で緊急援助隊を一番手で派遣、最大規模の援助活動実施 2000年3月 台湾総統選挙で民進党の陳水扁当選 12月 日本企業連合が台湾高速鉄道計画で「新幹線システム」受注。07年開通 2001年10月 APEC上海会議の際、平沼経産相と台湾経済部長が会談、「FTA」検討開始で合意 2002年4月 李登輝前総統が心臓病治療のため来日 5月11日 台北市内で独立支持派1万5000人が「中華民国」を「台湾」に要求しデモ 6月4日 民主党の菅直人幹事長が上海で「台湾の国連加盟を容認すべき」と言明 11月 民主党の仙谷由人、枝野幸男ら国会議員9人が「民主党日本・台湾友好議員懇談会」の訪問団で訪台、民進党と初シンポ。陳水扁、李登輝と会見 12月 「日本李登輝友の会」設立。 同上 外務省規則の改訂で、日台の政府当局間接触が課長補佐から課長レベルに引き上げ 2003年1月 長野陽一・元陸将補が「交流協会」に初着任。 2003年9月 台湾外交部が、表紙に「TAIWAN」と記した新旅券を発行　 12月 交流協会台北事務所が断交以来32年ぶりに天皇誕生日祝賀会 同上 日本政府（小泉政権）が交流協会を通じ、陳政権に、公民投票は中台関係を緊張させるとし「慎重対処」を希望する断交後初の申し入れ 2004年5月 「日本台湾安保経済研究会」発足。大江康弘参院議員、中津川博香、長島昭久衆院議員ら30数名の民主党議員参加 12月　 陳水扁が中国石油、中国造船など公営企業の名称から「中国」を削除する意向表明 2005年2月 日米安保「2+2」の戦略目標に台湾海峡が初め盛り込む 8月 台湾人への短期滞在ビザ免除措置。運転免許証の日台相互承認も07年9月実現 10月 日本版「台湾関係法」。起草者の平成国際大学の浅野教授が正式発表 2006年8月 陸自の富士演習場・実弾演習に胡镇埔・台湾陸軍総司令が「観光」で参観 2006年8月 農林水産省の宫腰光寛副大臣が「私人」で訪台。陳総統、蘇貞昌行政院長らと会談。 2007年2月 「中華郵政」「中国石油」「中国造船」３社が「台湾郵政」「台湾中油」「台湾国際造船」に名変更 5月 中正記念堂の名称が「台湾民主記念館」に 2008年3月 陳政権が台湾名での国連加盟申請の是非を問う公民投票実施、「否決」 5月 日本政府（福田康夫政権）が馬英九総統の就任で公式の祝電を初手交 6月 馬政権が「中華民国」を使うよう指示。「台湾郵政」は「中華郵政」に戻る 2008年8月 「台湾民主記念館」が「中正記念堂」に戻る 2009年7月 在留カードで、台湾出身者は「台湾」と表記することに決定（12年施行） 12月 日本で6 カ所目の台北経済文化代表事務所が札幌に開設 2011年9月 日台民間投資取決めの署名 2013年3月 日台漁業取り決めに調印 2014年2月 自民党議員でつくる「日本・台湾経済文化交流を促進する若手議員の会」が「日本版・台湾関係法」の策定を決定 ７月 李登輝が来日。台湾関係法策定について「中国が怒るだろうが関係ない」と言明 2016年12月 立法院外交委で、中華民国ではなく台湾を使うよう求めた民進党提案通過（26日） 同上 交流協会が1月から「日本台湾交流協会」に名称変更発表（28日） 2017年1月 日本台湾交流協会への名称変更式で邱義仁が「ついに正名を完成」とあいさつ（3日） 3月 赤間総務副大臣が公務で台湾を初訪問25日。 同上 菅官房長官が赤間訪問で「日台の経済関係、人的往来を深める観点で意義」28日